Примечание: Действие происходит в альтернативной реальности, в Токио, столице Японии. Умершие в каноне персонаже объявляются живими, и тоже участвуют в сюжете - даже такие, как семья Учих, Намикадзе Минато, Кушина Узумаки и т.д.

Токийский Государственный Университет - один из самых престижных ВУЗов в Японии. Оттуда выпускаются в будущем - известные политики, бизнесмены, доктора и светила науки. И - туда очень сложно попасть.

Предыстория
У университета три ректора - два постоянных, Джирайа и Тсунаде, и один заочный, Орочимару. Все трое были когда-то выпускниками ТГУ, но потом их дороги разошлись, не смотря на то, что они возглавляют этот университет. Тсунаде - одна из самых талантливых хирургов, её рукой проведены множество самых сложнейших операций. Джирайа - тот ещё разгильдяй, его любимое время препровождение - шатание по частным клубам и вечеринкам, а так же он балуется написанием эротических романов. Но не смотря на это - он бесподобный адвокат, один из самых лучших на континенте. Орочимару же - психолог с мировым именем, проживающий в Нью-Йорке. Он, по мимо частных сеансов самым знаменитым людей планеты, взялся воспитывать одного из наследников почти что самой богатой семьи Японии - Учиху Саске, с десятилетнего возраста проживающего с Орочимару, не смотря на наличие живых родителей. Впрочем, решение семейного совета Учих вполне понятно - весь бизнес по праву должен унаследовать старший сын, Учиха Итачи, так на что же рассчитывать Саске? Так же Орочимару взялся опекать ещё нескольких детей, которые росли вместе с Саске - это Карин, Джууго и Сугетсу. Остальные же дети были взяты им на обучение, но не опёку.
Именно эта четвёрка всегда могла получить то, что хочет, в мгновение ока - Орочимару-сенсей мог дать им всё. Однако за любые капризы он и требовал много - эти четверо всегда были лучшими везде, где бы они не учились. По настоянию Орочимару они должны были своим собственным трудом добиваться поступления в лучших университет Нью-Йорка. Он действительно хотел вырастить из своих подопечных людей, которые добиваются своих целей.

В то же время в Японии, талант Намикадзе Минато, талантливого, почти гениального врача, начинают по тихоньку признавать. Его сын, Наруто, почти что живёт в университете, ведь Минато проводит там всё своё свободное время,а ребёнка оставить не на кого, ведь его жена, Кушина Узумаки - крупный политик. Наруто растёт импульсивным и ярким, как фейрверк. В детстве его лучшим другом был как раз Учиха Саске, единственным другом. После его отъезда у младшего Узумаки появилась другая компания - Шикомару Нара, Акимичи Чоджи, и Инузука Киба, хотя мысли о Саске не оставляют его даже по мере взросления.
Они вместе с Яманако Ино, Харуно Сакурой, Абураме Шино и Хьюга Хинатой поступают в ТГУ, где знакомятся с ТенТен, Саем, Хьюга Неджи (братом Хинаты) и Роком Ли - другой компанией друзей. Хьюга Неджи тоже раньше общался с Учиха Саске, ведь их семьи - деловые партнёры и находятся в дружественным отношениях.

Старший брат Саске, Учиха Итачи, поступил в ТГУ на два года раньше, чем Узумаки и Ко. Он был лучшим из лучших на своём курсе, но замкнутым - как ни странно, эта холодность и замкнутость появилась как раз после отъезда младшего брата. Может ли быть, что Итачи огорчил отъезд конкурента на наследство?...
В университете Итачи знакомится с компанией выпускников школы им. Акацуки, что значит, рассвет - он знает эту школу, ведь там учится его кузен Мадара, поступивший в тот же университет, что и Итачи. Эти люди - Конан, Пейн, Дейдара, Сасори, Хидан, Какузу. Вместе они решают основать мафию университета - бороться против тех, кто им неугоден. По воле случая под это определение попадают Наруто и его друзья...

2008 год
Тсунаде и Джирайа получают письмо - Орочимару приезжает со своими учениками. Так же в этом году в ТГУ переводятся пятеро учеников из Университета Васабэ, в Китае - это дети мэра Пекина Гаара, Темари и Канкуро и две лучших ученицы года.
Семья Учих кажется, искренне рада, что Саске возвращается - но простил ли он их "предательство", отправку за границу? Ведь с десяти лет он рос без семьи...
Минато стал заместителем Тсунаде, и, возможно, очень скоро станет ещё одним ректором...

Что будет дальше?